DM813: Algoritmer til Biologisk Sekvensanalyse (5 ECTS)
STADS: 15005201
Niveau
Kandidatkursus
Undervisningsperiode
Udbydes efter behov.
Ansvarlige undervisere
Email: lenem@imada.sdu.dk
Skemaoplysninger
Der er ingen skemaoplysninger for den valgte periode.
Kommentar:
Ubegrænset deltagerantal. 2. kvartal.
Indgangskrav:
Ingen
Faglige forudsætninger:
DM507 Algoritmer og Datastrukturer og ST501 Science Statistik
forudsættes kendt.
KursusintroduktionFormålet med kurset er at give en dybdegående forståelse af teorien og teknikkerne bag de vigtigste algoritmer i bioinformatik.
Forventet læringsudbytteVed kursets afslutning forventes den studerende at kunne:
- anvende dynamisk programmering til at foretage parvis alignment af DNA- og protein-sekvenser.
- beskrive overordnet, hvordan BLAST og FASTA fungerer.
- beskrive overordnet, hvordan tallene i BLOSUM- og PAM-matricerne er beregnet.
- konstruere og anvende simple HMMer til multipel alignment af DNA- og protein-sekvenser.
- implementere andre simple algoritmer til multipel alignment,
bl.a. vha. et guide-træ.
- redegøre overordnet for styrker og svagheder ved de enkelte
alignment-metoder.
- implementere simple algoritmer til konstruktion af evolutionstræer,
f.eks. neighbor joining, UPGMA og parsimony, samt redegøre
overordnet for styrker og svagheder.
- implementere et suffix-træ og beskrive nogle af dets
anvendelsesmuligheder.
- kunne anvende simple probabilistiske evolutionsmodeller til at
beregne likelihood for et givet evolutionstræ.
- implementere en Metropolis-algoritme for evolutionstræer.
- implementere Gibbs sampling.
- redegøre for grundprincipperne i de mest almindelige metoder til
forudsigelse af protein-struktur.
- implementere en simpel algoritme til forudsigelse af RNA-struktur.
Emneoversigt- Kort introduktion til biologien bag algoritmerne
- Sekvens-alignment
- Evolutionstræer
- Protein-struktur
- Hidden Markov Models
LitteraturMeddeles ved kursets start.
Pensum
Se pensumbeskrivelse.
Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter
e-learn (blackboard).
Forudsætningsprøver
Ingen
Eksamen- og censurform:
(a) Et projekt i grupper af to-tre studerende. Det kan enten være en implementeringsopgave eller et litteraturstudie. Projektet skal munde ud i en rapport på fem-ti sider, som forsvares ved en individuel mundtlig eksamen.
(b) Mundtlig eksamen der bedømmes med B/IB og intern censur ved underviser.
Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Forelæsninger: 25 timer
Eksaminatorietimer/opgaveregning: 10 timer
Aktiviteter i studiefasen
Sprog
Dette kursus undervises på dansk.
Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.
Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.
Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2008 til 31. august 2010.