BMB205: Avancerede metoder i protein massespektrometri og proteomanalyse (10 ECTS)

STADS: 01004301

Niveau
PhD-kursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.
2. kvartal

Ansvarlige undervisere
Email: jenseno@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Max deltagerantal: 18. kurset er et ph.d.-kursus som kan tages af både kandidat- og ph.d.-studerende.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Det forventes at deltagerne har en kandidatgrad eller tilsvarende kvalifikationer. Kurset kan dog efter aftale følges af kandidat-studerende som har bestået B.sc. Bemærk at kurset er et PhD kursus og niveauet derfor er højt

Kursusintroduktion
Avancerede metoder til protein karakterisering og funktionel genomics/proteomics vil blive introduceret, illustreret, diskuteret og afprøvet. Der vil blive lagt særlig vægt på separationsteknikker og massespektrometriske metoder, forberedelse af proteinprøver og analyse af resultater. Målet er at de studerende vil blive i stand til at overføre de præsenterede metoder og strategier til deres egen forskning. Desuden stræbes efter at deltagerne tilegner sig en solid baggrundsviden indenfor feltet, som vil hjælpe dem til at forstå og udnytte litteraturen, både hvad angår etablerede såvel som nye metoder indenfor massespektrometri og funktionel proteomanalyse.

Kompetencer
Ved kurset afslutning forventes den studerende at kunne:
-Forklare grundprincipperne i massespektrometri (MS), dvs. opbygning, virkemåde og hvilke data der kan forventes fra et massespektrometer.
-Redegøre for de gængse ioniseringsmetoder som anvendes indenfor proteinanalyse, dvs. MALDI og ESI og redegøre for forskellene mellem disse.
-Forstå de basale principper for og forskelle mellem forskellige typer masseanalysatorer.
-Redegøre for fragmentering af peptider vha. CID, ECD og ETD. Herunder nomenklaturen
-Analysere og fortolke peptid og protein spektre fra MS og tandem MS instrumenter. Herunder forstå principperne bag manuel fortolkning af peptidfragmentations spektre.
-Anvende bioinformatiske værktøjer til analyse af datasæt og kritisk evaluere opnåede resultater.
-Forstå og opstille eksperimentielle strategier som anvendes indenfor protemeanalyse.
-Redegøre for principperne bag oprensning af specifikke post translationelle modifikationer (phosphorylering, glykosylering) og MS analyse af disse. Herunder forstå brugen af immoniumioner og neutrale tab.
-Redegøre for principperne for kvantitativ proteomanalyse strategier som stabil isotopmærkning og intensitets-profilering.
-Læse og forstå videnskabelige artikler om protein massespektrometri og proteomanalyse.

Forventet læringsudbytte


Emneoversigt
-Principper bag massespektrometriske metoder til analyse af proteiner, peptider og post translationelle modifikationer. Herunder: matrix-assisted laser desorption/ionization, electrospray ionisering, masseanalysatorer og hybridinstrumenter.
-Metoder til prøveforberedelse forud for MS-analyse.
-Strategier til protein/peptid separation/oprensning forud for MS-analyse. Herunder elektroforetiske og kromatografiske teknikker.
-Strategier til analyse af post translationelle modifikationer, med phosphorylering og glycosylering som de vigtigste modifikationer i denne sammenhæng.
-Strategier til kvantitativ analyse af peptider/proteiner f.eks. i forbindelse med forskning i sygdomsmarkører.
-Computationel dataanalyse og søgninger mod databaser og anden relevant bioinformatisk analyse

Litteratur
Der er i øjeblikket ikke angivet nogle materialer for kurset.

Pensum
Se pensumbeskrivelse.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:
(a) Projektopgave, derbedømmes med karkater efter 7-skalaen og ekstern censur.
(b) Laboratorieøvelser vil blive udført i mindre grupper. En rapport over dette arbejde udarbejdes på grundlag af den viden som deltagerne har opnået i forelæsninger, computerøvelser, laboratorieøvelser og litteraturstudier. De opnåede resultater analyseres og præsenteres. Rapporten forventes at indeholde teori, metoder, resultater, konklusion og perspektivering. (01004302)

Reeksamen efter 4. kvartal.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger: 25 timer
Eksaminatorietimer/opgaveregning: 5 timer
Laboratorieøvelser: 30 timer

Der udleveres en litteraturliste som indeholder 15-20 videnskabelige originalartikler og oversigtsartikler svarende til i alt ca. 175 sider med et forventet tidsforbrug på 20 timer. Artiklerne læses og drøftes i forbindelse med forelæsninger og laboratorieøvelser. Kurset evalueres ved skriftlig rapport som udarbejdes/opbygges som en videnskabelig artikel. Dette betyder at kurset får et omfang svarende til i alt 10 ECTS.
Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2008 til 31. august 2013.