BMB511: Bioinformatik I (5 ECTS)

STADS: 01008301

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: php@bmb.sdu.dk
Email: hjernoe@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
010613 Hold S1 nedlagt.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Proteinkemi (BMB506) skal være bestået. Kendskab til Microsoft Windows forudsættes.
Kurset kan ikke tages af studerende, der har bestået BM131 Introduktion til bioinformatik.

Kursusintroduktion
At give den studerende en indsigt i anvendelse af bioinformatik og betydningen af biologiske databaser i moderne molekylær biologi. Den studerende får gennem praktiske øvelser med direkte adgang til de vigtigste biologiske databaser på Internettet et kendskab til bioinformatikken og den bagvedliggende biologi.

Kompetencer
Gennem kurset skal den studerende opnå følgende kompetencer:

• kunne finde og udnytte den information, der ligger i de vigtigste proteinsekvens databaser og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika.
• Foretage homologisøgning så vel som motivsøgning
• Foretage binær og multiple alignment af proteinsekvenser samt kunne identificere homologi
• Tegne et fylogenetisk træ baseret på homologe protein sekvenser.
• Kunne foretage en sekundær strukturforudsigelse og have et basalt kendskab til 3D struktur visualisering
• Forstå problematikken bag arbejdet med store datasæt som f.eks. proteomics. 
• Den studerende skal kunne formulere en kritisk vurdering af de opnåede resultater og forklare principperne bag de anvendte værktøjer.

Forventet læringsudbytte
Når kurset er færdigt, forventes den studerende at kunne:

• søge i artikel-, protein- og nukleotid-databaser og ekstrahere relevant information
• genkende generelle fysisk/kemiske egenskaber ved DNA og RNA samt egenskaber som kan hjælpe til at forudsige gener indenfor pro- og eukaryoter.
• søge i protein motiv-databaser og ekstrahere relevant information
• foretage homologi-søgninger i databaser på internettet samt evaluere resultaterne
• foretage og evaluere binære og multiple alignments
• bygge og evaluere phylogenetiske træer
• benytte forudsigelsesprogrammer på internettet for fysisk-kemiske egenskaber for proteiner samt evaluere resultaterne
• benytte simple programmer til håndtering af 3-dimensionelle proteinstrukturer
• være bekendt med de gængse ressourcer og software tilgængelig for bioinformatik på internettet samt principperne bag disse.
• den studerende skal kunne kritisk evaluere om softwaren fungerer effektivt (dvs. om analysen er korrekt og resultaterne kan tydes ordentligt)
• benytte ovenstående metoder til en samlet evaluering af sekvenser og strukturer.

Emneoversigt

• Grundlæggende computerstruktur.
• Sekvensanalyse.
• Homologi.
• funktion og identifikation.
• Adgang til netbaserede databaser.
• Søgning i relevante databaser på world wide web.
• Multiple alignment fylogenetiske træer
• GO annotering
• motivsøgning
• strukturforudsigelse

Litteratur

• Selzer, Paul Maria, Marhöfer, Richard, Rohwer, Andreas : Applied Bioinformatics, an introduction.
• Udleverede noter.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:

1. Godkendelse af øvelsesopgavebesvarelserne, der bedømmes samlet med bestået/ikke-bestået og intern censur ved underviser. Beståelse af øvelsesopgavesættene er en forudsætning for deltagelse i øvelsesrapport b (3 ECTS) (01008312)
2. Hjemmeopgave samt mundtlig fremlæggelse der bedømmes med intern censur og karakter efter 7-trinsskalen (2 ECTS) (01008302)

Reeksamen i samme eksamenstermin eller i umiddelbar forlængelseheraf

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger (12 t.) og øvelser (30 t.).
(De angivne timetal er vejledende og der vil derfor kunne forekomme afvigelser.)
Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2013 til 31. august 2015.