BMB515: Biomolekylær massespektrometri (5 ECTS)

STADS: 01005501

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i forårssemesteret.
4. kvartal.

Ansvarlige undervisere
Email: jenseno@bmb.sdu.dk

Yderligere undervisere
f.kir@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Maksimalt deltagerantal 24 sammenkørt med BMB808.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
For SDU-studerende: Bestået scienceår. Der forudsættes et grundlæggende kendskab til almen og organisk kemi, biokemi, proteinkemi og molekylær biologi. Kurset kan ikke følges af studerende, der har bestået BMK21, BM31 eller BM32 på gammel studieordning.

Kursusintroduktion
At indføre den studerende i anvendelsen af massespektrometri indenfor biokemi, biomedicin, molekylær biologi og cellebiologi samt indenfor ”systems biology” (genomics/proteomics/metabolomics) på et niveau, hvor den studerende kvalificeret kan vælge massespektrometrisk instrumentering til eget forskningsprojekt. At gøre den studerende i stand til, at forstå og vurdere anvendelsen af biomolekylær massespektrometri i videnskabelig originallitteratur.

Forventet læringsudbytte
Når kurset er færdigt forventes den studerende at:
• Beherske den grundlæggende fagterminologi inden for massespektrometri.
• Kunne skitsere principperne i ionseringsmekanismerne Elektron Ionisering, Kemisk Ionisering, MALDI og Elektrospray Ionisering, samt argumentere for valget af ioniseringsmetode for et givent biomolekyle.
• Kunne forklare principperne i Quadrupol, Paul Trap, Fourrier Transform-Ion Cyclotron Resonance, Orbitrap og Time-of-Flight masseanalysatorer, samt kende disse masseanalysatorers styrker og svagheder.
• Kunne skitsere principperne i In-source fragmentering, Collision induced fragmentering og elektron-induceret fragmenteringer af biomolekyler, samt kende disse metoders styrker og svagheder.
• Kunne forklare principperne i tandem massespektrometri i gængse kombinationer af Quadrupol, Paul Trap, Fourrier Transform-Ion Cyclotron Resonance, Orbitrap og Time-of-Flight masseanalysatorer, samt vurdere anvendelsen i forbindelse med analyse af biomolekyler.
• Kunne begrunde anvendelsen af tandem massespektrometri, Liquid Chromatography/Gas Chromatography-MS og kvantitativ massespektrometri i karakteriseringen af biomolekyler.
• Kunne forklare de grundlæggende karakteristika ved massespektrometri og tandem massespektrometri af proteiner/peptider, nukleinsyrer, kulhydrater og lipider.
• Kunne fortolke simple massespektre og tandem massespektre af biomolekyler.
• Forstå og vurdere anvendelsen af biomolekylær massespektrometri i videnskabelig originallitteratur.

Emneoversigt
Den generelle opbygning af et massespektrometer samt de grundlæggende fagtermer. Introduktion til moderne massespektrometriske teknikker, herunder forskellige typer af ioniseringsformer og masseanalysatorer. Instrumentelle aspekter og fragmentations-teknikker. Strukturopklaring af biologiske molekyler v.h.a. massespektrometri og tandem massespektrometri. Kombinationer af kromatografi og elektroforese med massespektrometri Kvantitativ analyse af biomolekyler ved massespektrometri. Metabolske studier ved anvendelse af stabile isotoper. Prøveforberedelse til massespektrometri.

Litteratur

• E. De Hoffmann, V. Stroobant: Mass Spectrometry - principles and applications, (3nd Ed., Wiley 2007 ). (kan købes i Studenterboghandelen). . .

Pensum
Se pensumbeskrivelse.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:
(a) Kurset afsluttes med en 4 timers skriftlig eksamen med karakter efter 7-trinsskalaen og ekstern censur. Den skriftlige eksamen tager udgangspunkt i en videnskabelig originalartikel, hvori massespektrometri indgår.
Alle skriftlige hjælpemidler undtaget computer må anvendes under eksamen.

Reeksamen efter 2. kvartal

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger (34 timer) og laboratorieøvelser (16 timer). Forelæsningerne inkluderer opfølgning på laboratorieøvelser, opgaveregning og artikelgennemgang.
Aktiv deltagelse i laboratorieøvelserne er en forudsætning for at bestå kurset.
Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Bemærkninger
Kurset afløser BMK21/BMKP21, men er ikke længere et Ph.D.-kursus.
Kurset vil hovedsageligt blive samlæst med BMB515-bachelorkursus-versionen af BMB8XX. Det samlede maksimale deltagerantal for de to kurser er 24.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. februar 2010 til 31. januar 2011.