BMB519: Biosimulering (5 ECTS)

STADS: 01016201

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i forårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: lfo@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Max. 16 studerende

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Faglige forudsætninger. Studerende, der følger kurset, forventes at:

• Have kendskab til elementær enzymkinetik
• Kunne anvende elementær computersoftware.

Formål
Kurset har til formål at sætte den studerende i stand til at simulere dynamiske biologiske processer på en computer, hvilket er vigtigt i forhold til at forstå hvordan liv fungerer på et tidsligt niveau.

Kurset bygger oven på den viden, der er erhvervet i kurserne Fundamental Biokemi (BMB532) eller Grundlæggende Biokemi (BMB530), og giver et fagligt grundlag for at studere emnerne Regulering af stofskifte og cellesignallering, der er placeret senere i uddannelsen.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:

• Give kompetence til at fremstille modeller af biologiske processer
• Give færdigheder i Systemdynamik og Systembiologi
• Give viden om hvordan computeren kan anvendes til at løse biologiske problemstillinger

 

Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:

• Anvende systemdynamikken til at opstille flowdiagrammer for en model af et biologisk system og omsætte diagrammet til matematiske ligninger.
• Anvende simuleringsværktøjer til numerisk integration af ikke-linære 1. ordens differentialligninger.
• Forklare systembiologiens markup language (SBML).
• Beskrive hvorledes man finder fixpunkter samt laver stabilitetsanalyse og faseplansanalyse af differentialligninger med to variable.
• Beskrive de dynamiske opførsler: steady-state, oscillationer og kaos. 

Indhold


Litteratur

Kompendium

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver

1. 75% fremmøde til forelæsninger er en forudsætning for at deltage i eksamenselement a). Bestået ikke bestået, intern censur. (01016212).

Eksamen- og censurform:

1. Rapport over selvvalgt modelleringsprojekt (5 ECTS). Intern censur, 7-trinsskala. Hjælpemidler tilladt. (01016202).

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 20 timer
Træningsfase: 30 timer, heraf:
 - Eksaminatorie: 10 timer
 - Laboratorieøvelser: 20 timer

Aktiviteter i studiefasen

• Løsning af små modellerings opgaver 
• Skrivning af rapport over projekt

Undervisningsform
Introfasen består af forelæsninger hvor underviseren introducerer kursets centrale emner, i tæt dialog med de studerende. Praktiske eksempler på modelleringsstudier udføres I fællesskab.

I træningsfasen arbejder de studerende mere eller mindre selvstændigt først med små modelleringsopgaver og senere med den afsluttende projektopgave. Underviseren fungerer I denne fase som hjælper til at besvare kritiske spørgsmål.

I studiefasen arbejder den studerende helt selvstændigt med små simuleringsopgaver og med skrivning af den afsluttende rapport.

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Bemærkninger
Kurset har deltagerbegrænsning og hvis der er flere tilmeldte end begrænsningen angiver, prioriteres de rettidigt tilmeldte efter dato for tilmelding.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Dette er den nyeste version af en kursusbeskrivelse, som trådte i kraft den 1. feb 2017.