BMB802: Proteomics: Teknikker og anvendelser i biokemi og biomedicin (10 ECTS)

STADS: 01009001

Niveau
Kandidatkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: mrl@bmb.sdu.dk

Yderligere undervisere
f.kir@bmb.sdu.dk
jenseno@bmb.sdu.dk
tjdj@bmb.sdu.dk
bab@bmb.sdu.dk
jens.andersen@bmb.sdu.dk
php@bmb.sdu.dk
hjernoe@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Max 18 på hvert labhold.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Bachelorgrad i Biokemi/Molekylær Biologi, Biomedicin eller Bioinformatik fra SDU; ækvivalent bachelorgrad fra andre universiteter.
Der forudsættes basalt kendskab til massespektrometri, kromatografi og elektroforese.

Kursusintroduktion
Introducere de studerende til teknikker i Proteomics og deres anvendelse i biologi og biomedicin. Vægten lægges på massespektrometri-baserede strategier til funktionel proteomics, samt anvendelser i molekylær cellebiologi, herunder protein ekspression, protein interaktion og posttranslationelle modifikationer.

Forventet læringsudbytte
Ved kursets af afslutning forventes den studerende at kunne:

• Forklare konceptet i Matrix Assisted Laser Desorption/Ionisation og Electrospray Ionisation, og argumentere for valget af ioniseringsmetode til en given life science anvendelse.
• Forklare principperne i moderne masseanalysatorer, der anvendes i proteomics, inklusive deres muligheder for tandem MS, samt angive fordele og ulemper ved disse masseanalysatorer.
• Beskrive de gængse teknikker til kvantitativ proteomanalyse.
• Vurdere og forklare de gængse principper i væskekromatografi og deres anvendelser i proteomics.
• Forklare principperne i 1- og 2-dimensionel elektroforese samt multidimensionel kromatografi og metodernes anvendelse i proteomics.
• Forklare karakteristika ved MS og tandem MS af proteiner/peptider, nukleinsyrer, kulhydrater og lipider.
• Fortolke typiske massespektre og tandem massespektre af biomolekyler.
• Udføre proteinidentifikation ud fra et massespektrometri-baseret datasæt.
• Skitsere koncepter til karakterisering af posttranslationelle modifikationer.
• Sammenligne forskellige tekniker til karakterisering af proteinstruktur.
• Anvende udvalgt software til at uddrage og fortolke information fra et proteomics datasæt.
• Forstå og vurdere brugen af biomolekylær massespektrometri i videnskabelig originallitteratur.
• Skitsere eksperimenter, der kan besvare specifikke spørgsmål inden for proteomics.

Emneoversigt

• Genopfriskning af proteinkemi, cellebiologi og basal massespektrometri (MS).
• Avanceret MS og tandem MS.
• Proteomics strategier (proteinidentificering v.h.a. peptide mass mapping og tandem MD).
• Posttranslationelle modifikationer (fosforyleringer, glykosyleringer, acetyleringer m.m.).
• Proteinkvantificering v.h.a. MS (peptid-intensites profilering, mærkning med stabile isotoper).
• Separationsteknikker (gelelektroforese, væskekromatografi) i kombination med MS.
• MS af andre typer biomolekyler (nukleinsyrer, lipider, kulhydrater).
• Struktur- og interaktionsstudier v.h.a. MS.
• Computational proteomics/bioinformatik.
• Alternative teknikker (to-hybrid systemer, phage display, protein arrays).

Litteratur
Der er i øjeblikket ikke angivet nogle materialer for kurset.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:

1. Laboratorieøvelser, der bedømmes med bestået/ikke bestået og intern censur ved underviser. (01009022)
2. Obligatoriske opgaver, der bedømmes med bestået/ikke bestået og intern censur ved underviser. Obligatoriske opgaver inkluderer godkendelse af studenterpræsentationer samt et mindre teoretisk projekt. (01009012)
3. Projektopgave, der bedømmes med karakter efter 7-trinsskalaen og intern censur. (01009002)

Reeksamen i samme termin eller umiddebart derefter

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger, antal timer 24.
Eksaminatorietimer/opgaveregning, antal timer 36.
Laboratorieøvelser, antal timer 20.
Eksaminatorierne inkluderer obligatoriske studenterpræsentationer.
Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Dette er den nyeste version af en kursusbeskrivelse, som trådte i kraft den 1. sep 2013.