BMB808: Biomolekylær massespektrometri (5 ECTS)

STADS: 01005301

Niveau
Kandidatkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i forårssemesteret.
4. kvartal

Ansvarlige undervisere
Email: jenseno@bmb.sdu.dk

Yderligere undervisere
f.kir@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Der er ingen skemaoplysninger for den valgte periode.

Kommentar:
Maksimalt deltagerantal 24 sammenkørt med BMB515.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
For SDU-studerende: Bachelorgrad i BMB, Biomedicin, Kemi, Nanobioscience, Lægemiddelvidenskab eller Biologi; ækvivalent bachelorgrad for andre studerende. Der forudsættes et grundlæggende kendskab til almen og organisk kemi, biokemi, proteinkemi og molekylær biologi. Kurset kan ikke følges af studerende, der har bestået BMK21, BM31 eller BM32 på gammel studieordning, eller det nuværende BMB515.

Kursusintroduktion
At indføre den studerende i anvendelsen af massespektrometri indenfor biokemi, biomedicin, molekylær biologi og cellebiologi samt indenfor ”systems biology” (genomics/proteomics/metabolomics) på et niveau, hvor den studerende kvalificeret kan vælge massespektrometrisk instrumentering til eget forskningsprojekt. At gøre den studerende i stand til, at forstå og vurdere anvendelsen af biomolekylær massespektrometri i videnskabelig originallitteratur.

Forventet læringsudbytte
Ved kursets afslutning forventes den studerende at kunne:
• Beherske fagterminologien inden for massespektrometri.
• forklare principperne i ionseringsmetoderne Elektron Ionisering, Kemisk Ionisering, MALDI og Elektrospray Ionisering, samt argumentere for valget af ioniseringsmetode for et givent biomolekyle.
• forklare principperne i Quadrupol, Paul Trap, Fourrier Transform-Ion Cyclotron Resonance, Orbitrap og Time-of-Flight masseanalysatorer, samt begrunde disse masseanalysatorers styrker og svagheder.
• forklare pricipperne i In-source fragmentering, Collision induced fragmentering og elektron-induceret fragmenteringer af biomolekyler, samt argumentere for valget af fragmenteringsmetode.
• forklare principperne i tandem massespektrometri i gængse kombinationer af Quadrupol, Paul Trap, Fourrier Transform-Ion Cyclotron Resonance, Orbitrap og Time-of-Flight masseanalysatorer, samt vurdere anvendelsen i forbindelse med analyse af biomolekyler.
• begrunde anvendelsen af tandem massespektrometri, Liquid Chromatography/Gas Chromatography-MS og kvantitativ massespektrometri i karakteriseringen af biomolekyler.
• forklare karakteristika ved massespektrometri og tandem massespektrometri af proteiner/peptider, nukleinsyrer, kulhydrater og lipider.
• fortolke almindelige massespektre og tandem massespektre af biomolekyler.
• Vurdere og fortolke anvendelsen af biomolekylær massespektrometri i videnskabelig originallitteratur.

Emneoversigt
Den generelle opbygning af et massespektrometer samt de grundlæggende fagtermer. Introduktion til moderne massespektrometriske teknikker, herunder forskellige typer af ioniseringsformer og masseanalysatorer. Instrumentelle aspekter og fragmentations-teknikker. Strukturopklaring af biologiske molekyler v.h.a. massespektrometri og tandem massespektrometri. Kombinationer af kromatografi og elektroforese med massespektrometri Kvantitativ analyse af biomolekyler ved massespektrometri. Metabolske studier ved anvendelse af stabile isotoper. Prøveforberedelse til massespektrometri.

Litteratur

• E. De Hoffmann, V. Stroobant : Mass Spectrometry - principles and applications, 3nd Ed., Wiley 2007 . Kan købes i Studenterboghandelen.

Pensum
Se pensumbeskrivelse.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:
a) 4 timers skriftlig eksamen, bedømmes efter 7-trins skalaen. ekstern censur (01005302).
b) Laboratorieøvelser. Bestået/ikke bestået. Intern censur (01005312)

Den skriftlige eksamen tager udgangspunkt i en videnskabelig originalartikel, hvori massespektrometri indgår. Alle skriftlige hjælpemidler undtaget computer må anvendes under eksamen.
Aktiv deltagelse i laboratorieøvelserne er en forudsætning for at bestå kurset.

Reeksamen efter 2. kvartal.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger: 34 timer
Laboratorieøvelser: 16 timer
Forelæsningerne vil involvere de studerende i form af opgaveløsning, diskussion af artikler og opfølgning på laboratorieøvelser.
Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Bemærkninger
Kurset afløser BMK21/BMKP21 i den forrige studieordning. Kurset vil hovedsageligt blive samlæst med BMB515 – bachelorkursus-versionen af BMB8XX, men med et udvidet pensum. Det samlede maksimale deltagerantal for de to kurser er 24.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. februar 2010 til 31. januar 2011.