MM552: Beregningsmæssig biologi (10 ECTS)

STADS: 13015501

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: roettger@imada.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Ubegrænset deltagerantal. Samlæses med DM847

Indgangskrav:
Ingen.

Faglige forudsætninger:
Studerende, der følger kurset, forventes at:

• Have grundlæggende viden i sandsynlighedsregning
• Have grundlæggende viden i algoritmik
• Have færdigheder i programmering

Formål
Formålet med kurset er at give en introduktion til forskning i bioinformatik. I hver forelæsning vil vi begynde med et konkret biologisk og/eller medicinsk spørgsmål, lave det om til en problemformulering, der kan løses af en computer, designe en matematisk model, løse denne og endelig aflede og evaluere svar fra modellen, som giver mening i den virkelige verden. Kursets formål er at give grundlæggende indsigt i moderne forskning i bioinformatik.

Kurset giver et videnskabeligt grundlag for at løse bioinformatik-problemer ved modellering og implementering af edb-programmer.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på:

• kompetence til at planlægge og udføre grundlæggende bioinformatiske opgaver
• viden om typisk supervised og unsupervised data mining metoder
• anvendelse af typisk netværk enrichment og NGS sekventering data analysemetoder
• udvikling af nye omik data mining platforme og software

Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:

• forklare og forstå det centrale dogma i molekulær biologi, centrale aspekter af genregulering, basisprincipper af epigenetisk DNA-ændringer og specialiteter m.h.t. bakterie & phage genetik
• modellere ontologier for biomedicinske dataafhængigheder
• designe databaser til systems biologi
• forklare og implementere metoder til analyse af DNA & aminosyre sekvenser (HMMs, scoringmatricer og efficient statistik med disse på datastrukturer som for eksempel suffix arrays)
• forklare og implementere statistiske læringsmetoder på biologiske netværk (network enrichment, GraphLets)
• forklare specialiteter af bakteriel genetik (operonforudsigelsestrick)
• forklare og implementere metoder for suffixtræer, suffixarrays og Burrows-Wheeler-transformationen
• forklare de novo sekvensmønster screening med EM algoritmen og entropimodeller.
• forklare og implementere grundlæggende metoder til supervised og unsupervised data mining, samt deres anvendelse på biomedicinske omik datasæt

Indhold
Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:

• det centrale dogme i molekulær genetik, epigenetik og bakteriel og phage genetik
• design og konstruktion af databaser for molekulærbiologiske data (ontologies, eksempler på databaser: NCBI, CoryneRegNet, ONDEX)
• analyse af DNA og aminosyre sekvens mønster model (HMMS, scoringsmatricer, blandede modeller, efficient statistik med dem på store datasæt)
• specialiteter i bakteriel genetik (sekvens modeller og funktionelle modeller for operonforudsigelse)
• de novo identifikation af transkriptionsfaktorbindingsmotifer (rekursiv forventingsmaksimering, entropi-baserede modeller)
• analyse af næste generations DNA sekvens datamængder (memory-aware short sequence read mapping data ved hjælp af Burrows Wheeler transformationen og suffix arrays, bi-modal peak calling)
• visualisering af biologiske netværk (graflayout: små men stærk variable grafer vs. store men mere statiske grafer)
• systems biologi og statistik på netværk (network enrichment with CUSP
• jActiveModules og KeyPathwayMiner, Graphlet degree signatures)
• grundlæggende supervised og unsupervised metoder klassificeringskriterierne for omics dataanalyse

Litteratur

Meddeles ved kursets start.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Obligatoriske opgaver. Bestået/ikke-bestået, intern bedømmelse ved underviser (13015512)

Eksamen- og censurform:
Mundtlig eksamen. 7-trinsskala, ekstern censur (13015502) 

Tilladte hjælpemidler: Blackboard/Whiteboard. Tilladte IT-redskaber: Laptop.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 41 timer
Træningsfase: 45 timer, heraf:
 - Eksaminatorie: 41 timer
 - Ekskursion: 4 timer

Aktiviteter i studiefasen

Undervisningsform
Aktiviteter i studiefasen: De studerende arbejder alene eller i studiegruppe med grundlæggende begreber  og opgaver fra kursets pensum.

Sprog
Dette kursus undervises på dansk eller engelsk, afhængigt af underviseren. Dog altid på Engelsk ved deltagelse af internationale studerende.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2016 til 31. august 2018.