DM845: Avancerede Algoritmer i Beregningsmæssig Biologi (5 ECTS)

STADS: 15016501

Niveau
Kandidatkursus forhåndsgodkendt som PhD-kursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i forårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: vandinfa@imada.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Ubegrænset deltagerantal

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Indholdet af DM507: Algoritmer og datastrukturer og DM552: Programmeringssprog forudsættes kendt.

Kursusintroduktion
Kurset fokuserer på de algoritmer, der anvendes i nogle få, udvalgte områder af beregningsmæssig biologi, og giver de studerende en forståelse af state-of-the-art beregningsmetoder i de udvalgte emner. Der er fokus på problemer, der opstår i analysen af massive mængde af streamede biologiske data. Kurset giver teoretiske og praktiske færdigheder til at udvikle nye metoder i nye beregningsmæssige biologiske applikationer.

Kompetencer
Ved afslutningen af kurset vil de studerende have følgende kompetencer:

• Kendskab til beregningsmæssige problemer, der opstår i beregningsmæssig biologi og state-of-the-art løsninger til disse problemer;
• Erfaring med anvendelse af avancerede beregningsmetoder til analyse af store biologiske datasæt;
• Evne til at designe avancerede metoder til beregningsmæssig biologi.

Forventet læringsudbytte
Ved afslutningen af kurset forventes den studerende at kunne:

• Beskrive og vurdere indholdet af forskningsbaserede videnskabelige artikler;
• Beskrive de beregningsmæssige problemer, der opstår i de emner, der præsenteres i kurset;
• Beskrive state-of-the-art algoritmer til at løse de beregningsmæssige problemer, der præsenteres i kurset;
• Vurdere og reflektere over de state-of-the-art metoder til beregning af de emner, der præsenteres i kurset;
• Foretage en eksperimentel evaluering af avancerede metoder i beregningsmæssig biologi og berette resultaterne;
• Vurdere og reflektere over den eksperimentelle evaluering af algoritmiske metoder i beregningsmæssig biologi.

Emneoversigt
Algoritmer for genomsekvensering; beregningsmetoder til analyse af store netværk.

Litteratur

Meddeles ved kursets start.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Fremlæggelse af en eller flere videnskabelige artikler, samt korte skriftlige reviews af artikler fremlagt i klassen. Intern censur ved underviser, karakter bestået/ikke-bestået. (15016512)

Eksamen- og censurform:

1. Projektopgave. Bedømmes ved ekstern censur efter 7-trinsskalaen (5 ECTS). (15016502)

Reeksamen i samme semester eller umiddelbart derefter. Reeksamen er en mundtlig eksamen, som bedømmes efter 7-trinsskala med ekstern censur.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 28 timer
Træningsfase: 16 timer, heraf:
 - Eksaminatorie: 16 timer

Aktiviteter i studiefasen Studiefase: 16 timer

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Dette er den nyeste version af en kursusbeskrivelse, som trådte i kraft den 1. feb 2015.