BMB202: Proteinoprensning (10 ECTS)

STADS: 01013901

Niveau
PhD-kursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: nils.f@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Max 12 og min. 8 på hvert hold i lab. pr. uge (ca. 60 øvelsestimer pr. uge). Holdinddeling til laboratorieøvelserne finder sted ved forelæsningerne. Øvelserne afholdes i hele uge 43.

Indgangskrav:
Bestået bachelorgrad i Biokemi og Molekylær Biologi, Biomedicin eller tilsvarende.

Faglige forudsætninger:
Studerende, der følger kurset, forventes at:

• have kendskab til grundlæggende almen og organisk kemi  og biokemi herunder især fedtsyremetabolisme, organiske molekylers struktur og funktionelle grupper samt pH-begrebet.
• have kendskab til betydningen af organiske molekyler i biokemien herunder biologiske makromolekyler.
• have kendskab til simple uorganiske molekyler og salte samt deres egenskaber.   
• have praktisk erfaring med laboratoriearbejde og almen laboratoriesikkerhed.

Formål
Kurset har til formål at sætte den studerende i stand til at forstå teorien bag og anvendelsen af de mest almindelige proteinoprensningsmetoder samt at kunne bruge disse i praksis. Dette er vigtigt i forhold til forståelsen og karakterisering af protein funktioner og struktur og udvikling af f. eks proteinbaserede lægemidler.

Kurset bygger oven på den viden, der er erhvervet i kurset FF503 eller tilsvarende med et grundlæggende indhold af almen og organisk kemi, BMB532 eller tilsvarende  grundlæggende biokemikursus samt BMB505/536.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:

• Give kompetence til at anvende avancerede metoder til at oprense og karakterisere proteiner
• Give færdigheder i at skabe det eksperimentelle grundlag for praktisk udførsel af oprensning af proteiner
• Give viden om teknikker indenfor proteinoprensning og karakterisering af deres egenskaber herunder enzymaktivitet.
• At kunne forstå og på et videnskabeligt grundlag reflektere over biokemiske og molekylærbiologisk viden samt kunne identificere videnskabelige problemstillinger.

Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:

• diskutere og analysere hvordan fedtsyresyntesen forløber i bakterier, simple eukaryote celler som gærceller samt pattedyrceller herunder de forskellige fedtsyresyntese-enzymsystemer i hhv. cytosolen og i mitochondrier.
• diskutere virkningsmekanismerne bag fedtsyresyntese, elongering og terminering
• udvælge præcise metoder til homogenisering af specifikke væv og celler
• evaluere fordele og ulemper ved ionbytnings-, gelfiltrerings- og affinitetskromatografi
• diskutere og analysere teorien bag søjlekromatografi og de faktorer der påvirker oprensningen og adskillelsen af proteiner.
• diskutere teorien bag proteiners opløselighed og hvorledes denne kan påvirkes af salt, organiske opløsningsmidler, temperatur, og pH.
• diskutere og analysere principperne bag elektroforetisk adskillelse af molekyler, herunder proteiner.
• diskutere og perspektivere anvendelsen af elektroforese i forståelsen af proteiners egenskaber og struktur.
• diskutere og vurdere typiske teknikker som anvendes til koncentrationsbestemmelse af proteiner.

Indhold
Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:

• en teoretisk del, hvor teorien bag fedtsyresyntese gennemgås.
• de anvendte metoder gennemgås.
• en praktisk del, hvor et bestemt protein oprenses ved hjælp af de gennemgåede metoder. De anvendte metoder omfatter fraktionering af cellebestanddele ved centrifugering og proteinfraktionering ved hjælp af fældning, ionbytningskromatografi og gelfiltreringskromatografi. Endvidere vil deltagerne komme til at udføre fotometriske bestemmelser af proteinindhold og enzymaktiviteter. Renheden af det oprensede protein og dets molvægt bestemmes ved hjælp af gelelektroforese.

Litteratur

• Robert K, Scopes: Protein Purification - Principles and Practice, Springer Verlag, 3. udgave.
• Udvalgte forsknings- og oversigtsartikler.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver

1. Deltagelse i laboratorieøvelser. (01013912).
2. Aflevering af rapport. (01013922).

Både a) og b) skal være bestået for at kunne deltage i eksamen. Bestået/ikke-bestået, intern bedømmelse ved underviser.

Eksamen- og censurform:

1. Mundtlig eksamen. Ekstern censur. Karakter efter 7-trinsskalaen. (10 ECTS). (01013902).

Reeksamen i samme eksamenstermin eller i umiddelbar forlængelse heraf.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 10 timer
Træningsfase: 60 timer, heraf:
 - Laboratorieøvelser: 60 timer

Aktiviteter i studiefasen

Undervisningsform
Aktiviteter i studiefasen:

• Selvstudium af lærebogen
• Skriftlig rapport
• Selvstændig opsamling på intro- og træningsfasen
• Repetition op til eksamen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Bemærkninger

1. Studerende, der har optjent flest ECTS på kandidatuddannelsen har første prioritet
2. Studerende, der er optaget betinget på kandidatuddannelsen har hernæst prioritet
3. Studerende, der følger kandidatkurser samtidig med deres bacheloruddannelse (dispensation til 30 ECTS kandidatkurser) har herefter prioritet
4. Bachelorstuderende

Hvis der er pointmæssigt ligestillede blandt studerende i gruppe 1 til 4, trækkes der lod.


Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2016 til 31. august 2018.