Dansk

BMB506: Proteinkemi (5 ECTS)

STADS: 01007601

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.
1. kvartal.

Ansvarlige undervisere

Email: ihk@bmb.sdu.dk

Yderligere undervisere

jonasb@bmb.sdu.dk

bab@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger

Hold	Type	Dag	Tidsrum	Lokale	Uger
Fælles	I	Mandag	12-14	U20	36-41
Fælles	I	Torsdag	10-12	U20	35-40
S1	TE	Tirsdag	08-10	U154	37-41
S1	TL	Torsdag	08-10	U10b	37-41
S2	TL	Mandag	10-12	U10b	37,39-40
S2	TL	Mandag	08-10	U10b	38
S2	TL	Mandag	14-16	U10b	41
S2	TE	Onsdag	08-10	U145	37,39-41
S2	TE	Fredag	08-10	U142	38
S3	TL	Mandag	08-10	U10b	37,41
S3	TL	Mandag	10-12	U10b	38
S3	TE	Onsdag	10-12	U27a	37-38,41
S3	TE	Onsdag	10-12	U49d	39-40
S3	TL	Fredag	08-10	U10b	39-40
S4	TE	Tirsdag	10-12	U103	37,39
S4	TE	Tirsdag	10-12	U71	38,40-41
S4	TL	Torsdag	12-14	U10b	37-41

Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Hold S1 er forbeholdt kemistuderende.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Grundlæggende kemi (KE501) og Biologi - fra molekyle til økosystem (BB501) skal være bestået. Biomolekylær kemi (BMB501) skal være kendt.

For TEK-studerende gælder kun bestået KE501 som indgangskrav.

Kursusintroduktion
At give en grundig introduktion til proteiners struktur og funktioner og give en introduktion til, hvordan proteiner fungere i interaktion med andre biomolekyler i cellulære og fysiologiske sammenhænge.

Forventet læringsudbytte
Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:
• Relatere den kemiske struktur af de 20 aminosyrer og deres modifikationer til protiners struktur of funktion.Klassificerer primære, sekundære, tertiære og kvartenære struktur nivauer af proteiner.
• Anvende programmet VMD til visualisering af proteiners tertiære struktur og anvende dette redskab til besvarelse af strukturelle problemstillinger.
• Anvende programmet Cytoscape til visualisering af protein-protein interactionsdata
• Beskrive proteiners foldning, misfoldning og nedbrydning i cellen og forstå hvordan fejl i disse systemer kan give anledning til konformationelle sygdomme.
• Have kendskab til moderne proteinkemiske metoder til oprensning, karakterisering og bioinformatiske analyse af proteiner.
• Beskrive hvordan proteiner fungere i interaktion med andre biomolekyler i cellulære og fysiologiske sammenhænge – herunder en forståelse af proteiners funktion i immun systemet, ved blod koagulation, samt i det sensoriske og motoriske system.
• Foretage selvstændig søgning af litteratur og perspektivere problemstillinger indenfor et udvalgt proteinkemisk emne ved anvendelse af molekylærbiologiske tankegange, ræsonnementer og fagudtryk.

Emneoversigt
Proteinstruktur
• Tertiær og kvaternær struktur
• Strukturbestemmelse af proteiner ved NMR og røntgen diffraktion
• Proteinmotiver og fold
• Eksempler på proteinstrukturer

Proteinfoldning
• Protein foldningsveje
• Chaperoner
• Dynamik
• Strukturel evolution
• Forudsigelse af proteinstrukturer
• Konformationelle sygdomme

Struktur og funktion
• Eksempler på struktur-funktions relationer
• Proteinkomplekser
• Proteintopologi og metoder til in vivo lokalisering af proteiner

Molekylær fysiologi :
• Immun systemet
• Mobilitet
• Blodkoagulation

Posttranslatoriske modifikation af proteiner:
• Phosphorylering
• Glykosylering

Protein nedbrydning:
• Proteaser involveret i protein turnover
• Lysosomer
• Ubiquitin-proteasom systemet

Metoder i proteinkemi:
• Introduktion til proteomics
• Introduktion til bioinformatik
• Introduktion til protein engineering

Litteratur

Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko and Lubert Stryer: Biochemistry, 7th Edition .

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:

Opgaver, der bedømmes samlet med bestået/ikke bestået med intern censur ved underviseren/instruktoren.
Opgaverne skal være bestået, for at kunne indstille sig til eksamen.(01007612)
Skriftlig eksamen baseret på tre-timers skriftlig eksamen med hjælpemidler uden net tilgang ved kursets afslutning. Extern censur med karakter efter 7-skalaen. Omfang 5 ECTS Reeksamen efter 2. kvartal. (01007602)

Eksamen afholdes på engelsk

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger (24 timer), eksaminatorier (10 timer) og obligatoriske øvelser indenfor proteiners tertiære struktur ved brug af computer (5 x 2 timer).

(De angivne timetal er vejledende og der vil derfor kunne forekomme afvigelser).

Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på dansk eller engelsk, afhængigt af underviseren.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2012 til 31. august 2013.