Hold | Type | Dag | Tidsrum | Lokale | Uger | Kommentar |
---|---|---|---|---|---|---|
Fælles | I | Mandag | 08-10 | U20 | 37-39 | |
Fælles | I | Onsdag | 10-12 | U20 | 37-38 | |
S1 | TL | Tirsdag | 08-14 | 37-41 |
Max 42 deltagere tilsammen med BM131
Indgangskrav:
Ingen
Faglige forudsætninger:
Proteinkemi (BMB506) og Fundamental Molekylær Biologi (BMB504) skal være bestået. Kendskab til Microsoft Windows forudsættes.
Kurset kan ikke tages af studerende, der har bestået BM131 Introduktion til bioinformatik.
Kursusintroduktion
At give den studerende en praktisk indsigt i anvendelse af bioinformatik og betydningen af biologiske databaser i moderne molekylær biologi. Den studerende får gennem praktiske øvelser med direkte adgang til de vigtigste biologiske databaser på Internettet et kendskab til bioinformatikken og den bagvedliggende biologi.
Kompetencer
Den studerende vil kunne
Have kendskab til de vigtigste proteinsekvens databaser, deres opbygning og vigtigste karakteristika.
Foretage en homologisøgning og vurdere resultatet
Foretage en binær alignment af proteinsekvenser og identificere homologi
Lave en multiple alignment
Tegne et fylogenetisk træ baseret på homologe protein sekvenser
Have et basalt kendskab til 3D struktur visualisering
Forventet læringsudbytte
Når kurset er færdigt, forventes den studerende at kunne:
• søge i artikel-, protein- og nukleotid-databaser og ekstrahere relevant information
• genkende generelle fysisk/kemiske egenskaber ved DNA og RNA samt egenskaber som kan hjælpe til at forudsige gener indenfor pro- og eukaryoter.
• søge i protein motiv-databaser og ekstrahere relevant information
• foretage homologi-søgninger i databaser på internettet samt evaluere resultaterne
• foretage og evaluere binære og multiple alignments
• bygge og evaluere phylogenetiske træer
• benytte forudsigelsesprogrammer på internettet for fysisk-kemiske egenskaber for proteiner samt evaluere resultaterne
• benytte simple programmer til håndtering af 3-dimensionelle proteinstrukturer
• være bekendt med de gængse ressourcer og software tilgængelig for bioinformatik på internettet samt kritisk evaluere om softwaren arbejder effektivt (dvs. om analysen er korrekt og resultaterne kan tydes ordentligt)
• benytte ovenstående metoder til en samlet evaluering af sekvenser og strukturer.
Emneoversigt
- Grundlæggende computerstruktur. - Sekvensanalyse. - Homologi - funktion og identifikation. - Adgang til netbaserede databaser. - Søgning i relevante databaser på world wide web - Multiple alignment og fylogenetiske træer.
Litteratur