BMB511: Bioinformatik I (5 ECTS)

STADS: 01012601

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: php@bmb.sdu.dk
Email: hjernoe@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Proteinkemi (BMB533 alternativt BMB506) forudsættes kendt.

Kurset kan ikke tages af studerende, der har bestået BM131 Introduktion til bioinformatik.

Kursusintroduktion
At give den studerende en indsigt i anvendelse af bioinformatik samt betydningen af og baggrunden for biologiske databaser og programmer i moderne molekylær biologi. Den studerende får gennem praktiske øvelser kendskab til bioinformatikken og den bagvedliggende biologi og lærer at forholde sig til analyserne og resultaterne. Ydermere trænes den studerende i at vurdere og kommentere medstuderendes besvarelser og i at formulere tekst om bioinformatiske begreber. I kurset vil der blive diskuteret og reflekteret over, hvilke teoretiske og praktiske etiske problemstillinger, der ligger i faget, samt fagets samfundsmæssige funktion.

Kompetencer
Gennem kurset skal den studerende opnå følgende kompetencer:

• kunne finde og udnytte den information, der ligger i de vigtigste biologiske databaser og forstå deres opbygning og vigtigste karakteristika, herunder forstå forskellen mellem primære og sekundære databaser.
• Foretage homologisøgning såvel som motivsøgning.
• Foretage binær og multiple alignment af proteinsekvenser samt kunne identificere homologi samt forstå principperne bag scoring, gap penalties og positionsspecifikke scoringsmatricer.
• Konstruere et fylogenetisk træ baseret på homologe protein sekvenser og forstå princippet bag fylogenetiske træer og bootstrapværdier.
• Kunne trække information om gener og SNPs ud af databaser vha genome browsers.
• Kunne foretage og vurdere sekundære strukturforudsigelser og have et basalt kendskab til 3D struktur visualisering
• Forstå problematikken bag arbejdet med store datasæt som f.eks. lange lister af proteiner fra proteomics-studier. 
• Den studerende skal kunne formulere en kritisk vurdering af de opnåede resultater, forholde disse til hinanden og forklare principperne bag de anvendte værktøjer.

Forventet læringsudbytte
Når kurset er færdigt, forventes den studerende at kunne:

• søge i artikel-, protein- og nukleotid-databaser og ekstrahere relevant information
• genkende generelle fysisk/kemiske egenskaber ved DNA og RNA samt egenskaber som kan hjælpe til at forudsige gener indenfor pro- og eukaryoter.
• søge i protein motiv-databaser og ekstrahere relevant information
• foretage homologi-søgninger i databaser på internettet samt evaluere resultaterne
• foretage og evaluere binære og multiple alignments
• bygge og evaluere phylogenetiske træer
• benytte forudsigelsesprogrammer på internettet for fysisk-kemiske egenskaber for proteiner samt evaluere resultaterne
• benytte simple programmer til håndtering af 3-dimensionelle proteinstrukturer
• være bekendt med de gængse ressourcer og software tilgængelig for bioinformatik på internettet samt principperne bag disse.
• kritisk evaluere om softwaren fungerer effektivt (dvs. om analysen er korrekt og resultaterne kan tydes ordentligt)
• benytte ovenstående metoder til en samlet evaluering af sekvenser og strukturer.

Emneoversigt

• Sekvensanalyse.
• Homologi.
• Funktion og identifikation.
• Adgang til net-baserede databaser.
• Søgning i relevante databaser.
• Multiple alignment og fylogenetiske træer
• Genome browser
• GO annotering
• Motivsøgning
• Strukturforudsigelse

Litteratur

• Selzer, Paul Maria, Marhöfer, Richard, Rohwer, Andreas: Applied Bioinformatics, an introduction.
• Udleverede noter.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Godkendelse af øvelsesopgavebesvarelser, der bedømmes samlet med bestået/ikke-bestået og intern censur ved underviser. (01012612)

Eksamen- og censurform:
Skriftlig eksamen der bedømmes med intern censur og karakter efter 7-trinsskalen (5 ECTS). (01012602)

Reeksamen i samme eksamenstermin eller i umiddelbar forlængelse heraf.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger (12 t.) og øvelser (30 t.).
(De angivne timetal er vejledende og der vil derfor kunne forekomme afvigelser.)
Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2015 til 31. august 2016.