BMB524: RIBOREGULATION I BAKTERIER- Struktur og Funktion af Regulatoriske RNA molekyler (10 ECTS)

STADS: 01002601

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode

1. og 2. kvartal.

Ansvarlige undervisere
Email: valentin@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Det forventes at kurserne i Fundamental Molekylær Biologi (BMB504), Fundamental Mikrobiologi (BMB507) og Biomedicinsk Mikrobiologi (BMB510) er bestået. Det anbefales, at man har fuldt kurserne i Bioinformatik 1 (BMB511) og Avanceret Molekylær Biologi (BMB508).

Kursusintroduktion
1) At give den studerende en ”up to date” forståelse af genregulation samt kendskab til et nyt ”hot” forskningsfelt, som har klargjort, at alle typer af organismer indeholder et meget stort antal regulatoriske RNA molekyler, som er af afgørende betydning for deres biologi.
2) At give den studerende kendskab til moderne teknikker / metoder som anvendes i studier af genomer og genregulation.

Kompetencer
De studerende vil opnå et fundamentalt kendskab til RNA molekylers biologi og herigennem:

• opnå et detaljeret kendskab til cellulære processer som styres af ikke-kodende RNA molekyler.
• forstå de grundliggende mekanismer på molekylært plan.
• forstå og beskrive mikroorganismers respons til det ydre miljø.
• få forståelse for ligheder og forskelle i pro- og eukaryot RNA kontrol.
• opnå praktisk kendskab til molekylærbiologiske metoder til analyse af regulatoriske RNAer og post-transkriptiptionel kontrol af genekspression.
• få kompetencer i tolkning og diskussion af artikler fra videnskabelige tidsskrifter.

Forventet læringsudbytte


Emneoversigt
• ”non-coding” RNA, en ny og ekspanderende klasse af cellulære regulatorer: Historisk resumé, udbredelse og betydning.

• Identifikation af ncRNA: Den klassiske og den moderne fase i ”jagten” på små ncRNAer

• Funktionel klassificering af ncRNA molekyler:
I) Regulator af protein aktivitet.
II) Regulator af translation og/eller stabilitet af mRNAer

• Molekylære mekanismer for regulatoriske RNA’er i bakterier
Opdagelse og betydning af et konserveret RNA bindende protein:
Hfq, et bakterielt Sm-protein som formidler RNA-RNA interaktion

• Struktur og funktion af Sm lignende proteiner

• Fysiologisk betydning af regulatoriske RNAer i bakterier:
Regulator af sukkermetabolisme
Regulator af jern-metabolisme
Regulator af bakteriel adaptation: stress inducerede nc-RNAer
Regulator af alternative sigma-faktorer: E og S paradigmerne
Modulering af den bakterielle overflade
Regulering af virulens

• Strategier til klarlægning af nc-RNA funktion:
Genearrays, proteomics og computer baserede søgninger.

• Medicinsk og bioteknologisk anvendelse af antisense RNA-kontrol.

• Status og uløste problemer omkring antisense RNA regulation.

Litteratur

• Noter: Riboregulation I bakterier (BMB524) 2008.
• Øvelsesvejledning I BMB524, 2008.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:
Kurset afsluttes med en skriftlig eksamen med karakter efter 7-trinsskalaen og ekstern censur.
Alle skriftlige hjælpemidler undtaget computer må anvendes under eksamen.
Aktiv deltagelse i laboratorieøvelserne er en forudsætning for at bestå kurset.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.

Forelæsninger, antal timer 20. Eksaminatorietimer/opgaveregning, antal timer 5. Laboratorieøvelser, antal timer 70. Forelæsninger vil inkludere artikelgennemgang og eksaminatorier vil inkludere opgaveregning og gennemgang af projektarbejde (5 timer).
Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2007 til 31. august 2009.