BMB526: Eksperimentel molekylærbiologi. Metoder til undersøgelse af eukaryot genregulering (10 ECTS)

STADS: 01004801

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: s.mandrup@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Undervisningen starter i uge 31. Sammenlæses med BMB826 - Max 38 studerende.

Lab i Red Lab.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
BMB503 Fundamental biokemi og BMB504 Fundamental molekylærbiologi eller BMB532 Fundamental biokemi og BMB504 Fundamental molekylærbiologi skal være fulgt. Stoffet fra BM508 Avanceret molekylærbiologi forudsættes kendt.

Kursusintroduktion

1. At give de studerende en teoretisk indsigt i de molekylære processer, der ligger til grund for differentiering af eukaryote celler. I dette tilfælde benyttes fedtcelle (adipocyt)-differentiering.
2. At give de studerende en praktisk introduktion til gængse metoder der anvendes til analyse af genudtryk i pattedyrsceller.
3. Gennem en projektorienteret undervisningsform, at forberede de studerende på bachelor/ITEK/ specialeprojektet.

Forventet læringsudbytte
Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:

• Oprense RNA fra pattedyrsceller, lave cDNA og analysere gendutryk vha. real-time PCR.
• Anvende SDS PAGE og western blotting til detektion af proteinudtryk
• Analysere binding af transkriptionsfaktorer til kromatin vha. kromatin-immupræcipitation (ChIP-PCR).
• Fortolke resultater opnået vha. ovenstående teknikker
• Planlægge forsøg hvor disse teknikker anvendes
• Få kendskab til data baseret på ChIP kombineret med deep-sequencing (ChIP-seq) og anvende data i planlægning af egne forsøg
• Have kendskab til signaltransduktion og genregulering under fedtcelleudvikling og kende til betydningen af fedtvævet i forbindelse med udvikling af insulin resistens.
• Læse, forstå, fremlægge og diskutere original-artikler, der vedrørende eukaryot genregulering, herunder gør rede for de eksperimentelle teknikker der anvendes.

Emneoversigt
Teori:

Teoretisk introduktion til adipocyt differentiering med speciel fokus på transkriptionel regulering.
Fedtvævets rolle i forbindelse insulin resistens, type 2 diabetes og appetitregulering.
Introduktion til deep-sequencing, bioinformatik og data genereret vha. ChIP-seq.

Teknikker:

Oprensning af RNA.
cDNA syntese
Real-time qPCR
Western blotting
Kromatin-immunopræcipitation (ChIP)
(Evt. andre teknikker efter samråd med de studerende)

Litteratur

• Artikler og noter som lægges på e-learn.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:
Rapport baseret på laboratorieøvelser, der bedømmes med bestået/ikke bestået og intern censur ved underviser. (01004802)
Kurset er ikke bestået, hvis rapporten ikke kan godkendes efter endelig aflevering den 1. november.

Reeksamen i samme termin eller umiddelbart derefter
Eksamensformen kan være en anden end rapport.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 30 timer
Træningsfase: 70 timer, heraf:
 - Laboratorieøvelser: 70 timer

Aktiviteter i studiefasen
Undervisningen starter i uge 31. Max 36 studerende.

Sprog
Dette kursus undervises på dansk.

Bemærkninger
Kurset afholdes de første 3 uger af august. Beregn 2-3 uger til at færdiggøre rapport efter kurset. I ugerne frem til rapportafleveringen holdes ugentlige dobbelttimer (4x2 timer) med hjælp til rapportskrivning og resultatbehandling. Deadline for aflevering af rapport til gennemlæsning og kommentering er 15. september, endelig aflevering 1. november.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2014 til 31. august 2015.