BMB534: Experimentel Proteinkemi (5 ECTS)

STADS: 01011401

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: php@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Max 12 stk

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Studerende, der følger kurset, forventes at:

• Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske, proteinkemiske begreber og biokemiske processer (indholdet i BMB533 forudsættes kendt)
• Kunne anvende diverse almindelige it-værktøjer
• Kurset forudsætter aktiv deltagelse, herunder mundtlig fremlæggelse udført af de studerende i grupper
• Der forventes kendskab til generel laboratoriesikkerhed.

Formål
Formålet med kurset er at give de studerende en indføring i basale proteinkemiske teknikker som benyttes til karakterisering af proteiners primære struktur samt identifikation af proteiner. Under kurset vil de studerende benytte disse teknikker til at løse to relevante problemstillinger; 1) identifikation af gelseparerede placentaproteiner og 2) bestemmelse af den primære struktur af et kendt protein, indeholdende fire ukendte aminosyrer og en substitution.

Kurset bygger oven på den viden, der er erhvervet på studiets 2. år, i særlig grad molekylærbiologi og proteinkemi (BMB533).

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:

• Opnå viden om teori og eksperimentelle metoder inden for proteinkemi.
• Anvende proteinkemiske analysemetoder.
• Håndtere kompleksiteten i samspillet mellem resultater, der belyser en problemstilling fra flere vinkler.
• Give præsentation og videregive viden opnået på kurset
• Kritisk evaluere de resultater, der opnås med de metoder, der benyttes i kurset
• I kurset indgår laboratoriebaseret projektarbejde, som giver personlig kompetence i organisering af arbejdet.
• Laboratorieprojekterne vil udføres som gruppearbejde, så kompetencer i samspil styrkes.

Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:

• Beskrive den primære struktur af et protein samt forklare principperne i de vigtigste metoder til analyse af proteiners primærstruktur
• Forklare principperne i separation af polypeptider vha. HPLC
• Beskrive principperne i gel elektroforese
• Forklare principperne i aminosyreanalyse og massespektrometri af polypeptider, kunne behandle data herfra samt integrere disse til løsning af protein primær struktur
• Forklare princippet i et MALDI massespektrometer
• Forklare principperne i massespektrometrisk proteinidentifikation samt kunne analysere data herfra
• Forklare principperne i massespektrometrisk sekventering af peptider samt kunne analysere ms/ms data
• At kunne kombinere og evaluere de i kurset anvendte teknikker til analyse af protein strukturer.
• At kunne benytte de i kurset anvendte programmer

Indhold
Følgende emner vil blive behandlet:

1. Proteiners primære struktur
2. Aminosyrernes kemiske egenskaber
3. Principperne i aminosyreanalyse  samt anvendelse til
1. Protein/peptid karakterisering
2. Kvantitering
4. Protein sekventering i form af massespektrometrisk sekventering
5. SDS gelelektroforese af proteiner
6. Væskekromatografi
1. Reverse phase til peptidseparation
2. Ionbytning
3. Solid phase extraction
7. Basal massespektrometri (MALDI)
1. Intakt masse analyse
2. Peptide mass fingerprinting
3. MS/MS til identifikation
8. Bioinformatisk proteinanalyse

De fleste af de nævnte metoder vil blive benyttet og/eller demonstreret i laboratorieøvelserne.

NB: Dette øvelseskursus udføres ifølge lovmæssige sikkerhedsanvisninger, men anvender eksperimentelle protokoller og kemikalier, som er mistænkt for at være potentielt skadelige for gravide/ammende kvinder. Gravide/ammende studerende bør derfor kontakte kursusansvarlig i god tid før kursustilmelding eller så snart som muligt.

Litteratur
Der er i øjeblikket ikke angivet nogle materialer for kurset.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Aktiv deltagelse i øvelserne samt mundtlig fremlæggelse i gruppe. Bestået/ikke-bestået, intern bedømmelse ved underviser (01011412)

Eksamen- og censurform:
Projektopgave, afleveres 3 uger efter kursets afslutning. Bestået/ikke-bestået, intern censur. (01011402)

Øvelsesrapport kan genafleveres inden for to uger efter rettelse, hvis ikke accepteret.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 8 timer
Træningsfase: 40 timer, heraf:
 - Eksaminatorie: 4 timer
 - Laboratorieøvelser: 36 timer

Aktiviteter i studiefasen

Undervisningsform
Aktiviteter i studiefasen: Læsning af lærebog, artikler og kursuskompendium samt selvstændig forberedelse til laboratorieøvelser.

Da kurset er et intenst sommerkursus vil kursusdagene veksle mellem introfase-elementer og elementer fra træningsfasen. Studiefasen vil ligge før og under kurset

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Bemærkninger
Øvelsesrapport kan genafleveres inden for to uger efter rettelse.

Dette øvelseskursus udføres ifølge lovmæssige sikkerhedsanvisninger, men anvender eksperimentelle protokoller og kemikalier, som er mistænkt for at være potentielt skadelige for gravide/ammende. Gravide/ammende studerende bør derfor i god tid før kursustilmelding kontakt den kursusansvarlige.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2016 til 31. august 2017.