BMB535: Eksperimentel Proteomics - Karakterisering af cellulær signalering ved hjælp af kvantitativ proteomanalyse (5 ECTS)

STADS: 01011501

Niveau
Bachelorkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.

Ansvarlige undervisere
Email: mrl@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Kurset ligger i uge 34-35

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Studerende, der følger kurset, forventes at:

• Have kendskab til grundlæggende molekylærbiologiske begreber og biokemiske processer (indholdet af BMB533 og BMB508 forudsættes kendt)
• Kunne anvende diverse almindelige it-værktøjer, deriblandt excel
• Kurset forudsætter aktiv deltagelse, herunder mundtlig fremlæggelse udført af de studerende i grupper
• Der forventes kendskab til generel laboratoriesikkerhed.

Formål
Kurset har til formål at give den studerende en indsigt i planlægning, gennemførelse og evaluering af et molekylærbiologisk forsøg, hvor forskellige molekylærbiologiske teknikker bliver kombineret med proteomanalyse, fosfoproteomanalyse og bioinformatik (pathway-analyse). Under kurset vil de studerende undersøge fosforyleringsafhængige signaleringsveje i eukaryote celler (f.eks. stamceller eller humane neuroner) efter knock-down af essentielle gener (f.eks. kinaser) eller efter ekstracellulær stimulering (f.eks. differentiering).

Kurset bygger oven på den viden, der er erhvervet på studiets 2. år og kobler elementer fra diverse kurser sammen i en molekylærbiologisk problemstilling, der er undersøgt eksperimentelt og relateret til informationer ekstraheret fra relevant litteratur.

I forhold til uddannelsens kompetenceprofil har kurset eksplicit fokus på at:

• Selvstændigt kunne planlægge og gennemføre forsøg med de anvendte metoder
• Give præsentation og videregive viden opnået på kurset
• Kritisk evaluerer de resultater, der opnås med de metoder, der benyttes i kurset
• I kurset indgår laboratoriebaseret projektarbejde, som giver personlig kompetence i organisering af arbejdet.
• Laboratorieprojekterne vil udføres som gruppearbejde, så kompetencer i samspil styrkes.

Målbeskrivelse
For at opnå kursets formål er det læringsmålet for kurset, at den studerende demonstrerer evnen til at:

• Beskrive de grundlæggende principper bag tandem massespektrometri
• Forstå og fortolke data genereret ved tandem massespektrometri
• Beskrive forskellige metoder der anvendes til kvantitativ proteomics
• Forstå betydningen af post translationelle modifikationer for signalering i eukaryote celler
• Forstå principperne bag karakterisering af fosforylerede proteiner ved hjælp af tandem massespektrometri
• Forstå principperne bag arbejde med cellekulturer og knock-down af proteiner
• Redegøre for metoderne til validering af knock-down forsøg, inkl. Western Blotting, PCR og Selected/Parallel Reaction Monitoring (SRM/PRM)
• Benytte de i kurset anvendte bioinformatiske programmer

Indhold
Kurset indeholder følgende faglige hovedområder:

• Teori:
• Introduktion til proteomics og tandem massespektrometri
• Introduktion til fosforylering og karakterisering af cellulær signalering
• Introduktion til protein knock-down teknikker samt validering af knock-down effektiviteten v.h.a. Western blotting, PCR eller SRM/PRM.
• Introduktion til neural differentiering.
• Metoder/teknikker:
• Kvantitativ proteomics/fosfoproteomics (deriblandt oprensning og karakterisering af fosforylerede peptider)
• Tandem massespektrometri
• Bioinformatik (inkl. protein/peptid identifikation og kvantisering samt programmer til pathway-analyse)
• Western blotting
• SRM/PRM
• Celledyrkning
• RNAi knock-down
• (evt. andre metoder)

NB: Dette øvelseskursus udføres ifølge lovmæssige sikkerhedsanvisninger, men anvender eksperimentelle protokoller og kemikalier som er mistænkt for at være potentielt skadelige for gravide/ammende. Gravide/ammende studerende bør derfor kontakte kursusansvarlig i god tid før kursustilmelding eller så snart som muligt.

Litteratur
Der er i øjeblikket ikke angivet nogle materialer for kurset.

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver

1. Aktiv deltagelse i øvelserne. Bestået/ikke-bestået, intern bedømmelse ved underviser. (01011512)

Eksamen- og censurform:

1. Tests på blackboard, fremlæggelse i grupper og laboratorieøvelser. Bestået/ikke-bestået, intern bedømmelse ved underviser. (5 ECTS).(01011502).

Reeksamen kan have en anden form end den ordinære eksamen.

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 15 timer
Træningsfase: 55 timer, heraf:
 - Eksaminatorie: 15 timer
 - Laboratorieøvelser: 40 timer

Aktiviteter i studiefasen

Undervisningsform
Aktiviteter i studiefasen:

• Læse kompendium
• Læse få artikler 
• Se på videoer
• Selvstændig forberedelse til laboratorieøvelser

Da kurset er et intenst sommerkursus vil kursusdagene veksle mellem introfase-elementer og elementer fra træningsfasen. Studiefasen vil ligge før og under kurset.

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.

Bemærkninger
Kurset har deltagerbegrænsning og hvis der er flere tilmeldte end begrænsningen angiver, prioriteres de rettidigt tilmeldte efter dato for tilmelding.

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2016 til 31. august 2018.