BMB535: Eksperimentel Proteomics - Karakterisering af cellulær signalering ved hjælp af kvantitativ proteomanalyse (5 ECTS)
STADS: 01011501Niveau
Bachelorkursus
Undervisningsperiode
Kurset er placeret i forårssemesteret.
Ansvarlige undervisere
Email: mrl@bmb.sdu.dkSkemaoplysninger
| Hold | Type | Dag | Tidsrum | Lokale | Uger | Kommentar |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Fælles | I | Mandag | 08-16 | Blue lab og Red Room | 34-35 | |
| Fælles | I | Tirsdag | 08-16 | Blue lab og Red Room | 34-35 | |
| Fælles | I | Onsdag | 08-16 | Blue lab og Red Room | 34-35 | |
| Fælles | I | Torsdag | 08-16 | Blue lab og Red Room | 34-35 | |
| Fælles | I | Fredag | 08-16 | Blue lab og Red Room | 34-35 |
Vis personligt skema for dette kursus.
Kommentar:
Kurset ligger i uge 34-35. Nærmere info følger i januar.
Indgangskrav:
Ingen
Faglige forudsætninger:
Kurset BMB533 skal være bestået. Kurset BMB508 forudsættes kendt.
Kursusintroduktion
Kurset har til formål at give den studerende en indsigt i planlægning, gennemførelse og evaluering af et molekylærbiologisk forsøg, hvor forskellige molekylærbiologiske teknikker bliver kombineret med proteomanalyse, fosfoproteomanalyse og bioinformatik (pathway-analyse). Under kurset vil de studerende undersøge fosforyleringsafhængige signaleringsveje i eukaryote celler (f.eks. stamceller eller humane neuroner) efter knock-down af essentielle gener (f.eks. kinaser) eller efter ekstracellulær stimulering (f.eks. differentiering).
Kompetencer
- Selvstændigt kunne planlægge forsøg med de anvendte metoder
- Give præsentation og videregive viden opnået på kurset
- Kritisk evaluere de resultater, der opnås med de metoder, der benyttes i kurset
- I kurset indgår laboratoriebaseret projektarbejde, som giver personlig kompetence i organisering af arbejdet.
- Laboratorieprojekterne vil udføres som gruppearbejde, så kompetencer i samspil styrkes.
Efter kurset forventes de studerende at kunne:
- Beskrive de grundlæggende principper bag tandemmassespektrometri
- Forstå og fortolke data genereret ved tandemmassespektrometri
- Beskrive forskellige metoder der anvendes til kvantitativ proteomics
- Forstå betydningen af post translationelle modifikationer for signalering i eukaryote celler
- Forstå principperne bag karakterisering af fosforylerede proteiner ved hjælp af tandemmassespektrometri
- Forstå principperne bag arbejde med cellekulturer og knock-down af proteiner
- Redegøre for metoderne til validering af knock-down forsøg, inkl. Western Blotting, PCR og Selected/Parallel Reaction Monitoring (SRM/PRM)
- Benytte de i kurset anvendte bioinformatiske programmer
Teori:
Introduktion til proteomics og tandemmassespektrometri
Introduktion til fosforylering og karakterisering af cellulær signalering
Introduktion til protein knock-down teknikker samt validering af knock-down effektiviteten v.h.a. Western blotting, PCR eller SRM/PRM.
Introduktion til neural differentiering.
Metoder/teknikker:
Kvantitativ proteomics/fosfoproteomics (deriblandt oprensning og karakterisering af fosforylerede peptider)
Tandemmassespektrometri
Bioinformatik (inkl. protein/peptid identifikation og kvantisering samt programmer til pathway-analyse)
Western blotting
SRM/PRM
Celledyrkning
RNAi knock-down
(evt. andre metoder)
Litteratur
Der er i øjeblikket ikke angivet nogle materialer for kurset.
Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).
Forudsætningsprøver
Aktiv deltagelse i øvelserne. Bestået/ikke-bestået, intern evaluering ved underviser. (01011512)
Eksamen- og censurform:
Tests på blackboard, fremlæggelse i grupper og laboratorieøvelser. Bestået/ikke-bestået, intern censur ved undervisere. (01011502)
Reeksamen kan have en anden form end den ordinære eksamen.
Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 15 timer
Træningsfase: 55 timer, heraf:
- Eksaminatorie: 15 timer
- Laboratorieøvelser: 40 timer
Aktiviteter i studiefasen
Studiefase: 55 timer
Sprog
Dette kursus undervises på engelsk, hvis der deltager internationale studerende, ellers undervises på dansk.
Bemærkninger
Dette øvelseskursus udføres ifølge lovmæssige sikkerhedsanvisninger, men anvender eksperimentelle protokoller og kemikalier som er mistænkt for at være potentielt skadelige for gravide/ammende. Gravide/ammende studerende bør derfor kontakte kursusansvarlig i god tid før kursustilmelding.
Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.
Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.
Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. februar 2015 til 31. januar 2016.
