BMB826: Eksperimentel molekylærbiologi. Metoder til undersøgelse af eukaryot genregulering (10 ECTS)

STADS: 01011101

Niveau
Kandidatkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i efterårssemesteret.
Undervisningen strækker sig over 3 uger i begyndelsen af august (se kursushjemmeside for nærmere information).

Ansvarlige undervisere
Email: s.mandrup@bmb.sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Kommentar:
Undervisningen starter i uge 31.

Sammenlæses med BMB526 - Max 38 studerende.

Lab i Red Lab.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
BMB503 Fundamental biokemi og BMB504 Fundamental molekylærbiologi eller BMB532 Fundamental biokemi og BMB504 Fundamental molekylærbiologi skal være fulgt. Stoffet fra BM508 Avanceret molekylærbiologi forudsættes kendt.

Kursusintroduktion

1. At give de studerende en teoretisk indsigt i de molekylære processer, der ligger til grund for differentiering af eukaryote celler. I dette tilfælde benyttes fedtcelle (adipocyt)-differentiering. 
2. At give de studerende en praktisk introduktion til gængse metoder der anvendes til analyse af genudtryk i pattedyrsceller.
3. Gennem en projektorienteret undervisningsform, at forberede de studerende på bachelor/ITEK/ specialeprojektet.

Forventet læringsudbytte
Når kurset er færdigt forventes den studerende at kunne:

• Oprense RNA fra pattedyrsceller, lave cDNA og analysere gendutryk vha. real-time PCR.
• Anvende SDS PAGE og western blotting til detektion af proteinudtryk
• Analysere binding af transkriptionsfaktorer til kromatin vha. kromatin-immupræcipitation (ChIP-PCR).
• Fortolke resultater opnået vha. ovenstående teknikker
• Planlægge forsøg hvor disse teknikker anvendes
• Få kendskab til data baseret på ChIP kombineret med deep-sequencing (ChIP-seq) og anvende data i planlægning af egne forsøg
• Have kendskab til signaltransduktion og genregulering under fedtcelleudvikling og kende til betydningen af fedtvævet i forbindelse med udvikling af insulin resistens.
• Læse, forstå, fremlægge og diskutere original-artikler, der vedrørende eukaryot genregulering, herunder gør rede for de eksperimentelle teknikker der anvendes.

Emneoversigt
Teori:

Teoretisk introduktion til adipocyt differentiering med speciel fokus på transkriptionel regulering.
Fedtvævets rolle i forbindelse insulin resistens, type 2 diabetes og appetitregulering.
Introduktion til deep-sequencing, bioinformatik og data genereret vha. ChIP-seq

Teknikker:

Oprensning af RNA.
cDNA syntese
Real-time qPCR
Western blotting
Kromatin-immunopræcipitation (ChIP)
(Evt. andre teknikker efter samråd med de studerende)

Litteratur

Artikler og noter som lægges på e-learn

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:

1. Mundtlig eksamen med udgangspunkt i en rapport baseret på laboratorieøvelser. Bedømmes med karakter ud fra 7-trinsskalen ved intern censur.

Reeksamen (mundtlig) i samme termin eller umiddelbart derefter

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 30 timer
 - Laboratorieøvelser: 70 timer

Aktiviteter i studiefasen
Undervisningen løber fra kl. 8.00-18.00 og må betragtes som meget intensiv i de uger, kurset forløber.

Sprog
Dette kursus undervises på dansk.

Bemærkninger
Kurset afholdes de første 3 uger af august. Beregn 2-3 uger til at færdiggøre rapport efter kurset. I ugerne frem til rapportafleveringen holdes ugentlige dobbelttimer (4x2 timer) med hjælp til rapportskrivning og resultatbehandling. Deadline for aflevering af rapport til gennemlæsning og kommentering er 15. september, endelig aflevering 1. november

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. september 2014 til 31. august 2016.