KE824: Biomolekylære simuleringer (5 ECTS)

STADS: 10007201

Niveau
Kandidatkursus

Undervisningsperiode
Kurset er placeret i forårssemesteret.
4. kvartal.

Ansvarlige undervisere
Email: hkhandel@memphys.sdu.dk

Yderligere undervisere
mip@sdu.dk

Skemaoplysninger
Vis hele skemaet
Vis personligt skema for dette kursus.

Indgangskrav:
Ingen

Faglige forudsætninger:
Bachelor i naturvidenskab.

Kursusintroduktion
Kurset sigter mod at de studerende skal kunne forstå og implementere partikel-baserede molekylære simuleringer af komplekse biologiske systemer, såsom proteiner, membraner og nukleotider, og vekselvirkninger mellem disse. Derudover sigter kurset mod at indpode en kvantitativ forståelse af biomolekylære vekselvirkninger, samt at tilskynde til og understrege vigtigheden af interdisciplinær forskning. Målet er at uddanne speciale- og ph.d.-studerende i state-of-the-art biomolekylære simuleringer.

Forventet læringsudbytte
De studerende vil være i stand til at køre partikel-baserede simulationer for forskellige længdeskalaer af flydende systemer, såsom proteiner, membraner og nukleotider, på klyngecomputere. De studerende vil være i stand til at grave nyttig information ud af disse simuleringer og bruge den til at fortolke eksperimentelle data. Eleverne vil således lære at anvende Scientific Computing-metoder til at løse forskningsproblemer.

Emneoversigt
Atomistisk molekylær dynamik, grovkornet MD og Dissipativ Partikeldynamik (DPD) i biologiske systemer, såsom membraner, proteiner og nukleotider som DNA. Fundamental statistisk mekanik. Analyse af Simuleringer.

Litteratur

• Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications .

Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).

Forudsætningsprøver
Ingen

Eksamen- og censurform:
Mundtlig eksamen baseret på projektopgave. Karakter efter 7-trinsskalaen. Intern censur. Studerende vil gennemføre simuleringer på et system af egen forskningsinteresse, og lave en rapport over og præsentation af disse simuleringer.

Reeksamen efter 2. kvartal. Eksamensformen ved reeksamen kan være en anden end ved den ordinære eksamen

Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Træningsfase: 50 timer, heraf:
 - Eksaminatorie: 36 timer
 - Andet: 14 forelæsninger (lectures) timer
Træningsfase: 50 timer, heraf:
 - Eksaminatorie: 36 timer
 - Andet: 14 forelæsninger (lectures) timer

Aktiviteter i studiefasen

Sprog
Dette kursus undervises på engelsk.

Bemærkninger
Eksaminatorie og laboratorieøvelser kører sammen i ry computerlokale

Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.

Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.

Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. februar 2013 til 31. januar 2014.