KE824: Biomolekylære simuleringer (5 ECTS)
STADS: 10007201Niveau
Kandidatkursus
Undervisningsperiode
Kurset er placeret i forårssemesteret.
Ansvarlige undervisere
Email: hkhandel@sdu.dkSkemaoplysninger
| Hold | Type | Dag | Tidsrum | Lokale | Uger | Kommentar |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Fælles | I | Mandag | 14-16 | U26b | 7 | |
| Fælles | I | Tirsdag | 12-14 | U26b | 9,11 | |
| Fælles | I | Tirsdag | 10-12 | U26b | 10,13 | |
| H1 | TE | Mandag | 08-10 | U26b | 21 | |
| H1 | TE | Tirsdag | 10-12 | U26b | 15-16 | |
| H1 | TE | Tirsdag | 12-14 | U26b | 17 | |
| H1 | TE | Tirsdag | 14-16 | U26b | 19 | |
| H1 | TE | Tirsdag | 08-10 | U26b | 21 | |
| H1 | TE | Onsdag | 12-14 | U26b | 11,14 | |
| H1 | TE | Onsdag | 10-12 | U26b | 18-19 | |
| H1 | TE | Torsdag | 10-12 | U26b | 9-11,13,17 | |
| H1 | TE | Torsdag | 12-14 | U26b | 15 | |
| H1 | TE | Fredag | 14-15 | U26b | 13 | |
| H1 | TE | Fredag | 08-10 | U26b | 20 |
Vis personligt skema for dette kursus.
Indgangskrav:
Ingen
Faglige forudsætninger:
Bachelor i naturvidenskab.
Kursusintroduktion
Kurset sigter mod at de studerende skal kunne forstå og implementere partikel-baserede molekylære simuleringer af komplekse biologiske systemer, såsom proteiner, membraner og nukleotider, og vekselvirkninger mellem disse. Derudover sigter kurset mod at indpode en kvantitativ forståelse af biomolekylære vekselvirkninger, samt at tilskynde til og understrege vigtigheden af interdisciplinær forskning. Målet er at uddanne speciale- og ph.d.-studerende i state-of-the-art biomolekylære simuleringer.
Forventet læringsudbytte
Ved kursets afslutning forventes den studerende at kunne:
- Udføre partikel-baserede simulationer for forskellige længdeskalaer af flydende systemer, såsom proteiner, membraner og nukleotider, på klyngecomputere.
- Udlede nyttig information af disse simuleringer og bruge den til at fortolke eksperimentelle data.
- Anvende Scientific Computing-metoder til at løse forskningsproblemer.
Atomistisk molekylær dynamik, grovkornet MD og Dissipativ Partikeldynamik (DPD) i biologiske systemer, såsom membraner, proteiner og nukleotider som DNA. Fundamental statistisk mekanik. Analyse af Simuleringer.
Litteratur
- Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications.
Kursets hjemmeside
Dette kursus benytter e-learn (blackboard).
Forudsætningsprøver
Ingen
Eksamen- og censurform:
Skriftlig rapport baseret på projektopgave. Karakter efter 7-trinsskalaen. Intern censur. Studerende vil gennemføre simuleringer på et system af egen forskningsinteresse, og lave en rapport over og præsentation af disse simuleringer.
Reeksamen i samme eksamenstermin eller i umiddelbar forlængelse heraf. Eksamensformen ved reeksamen kan være en anden end ved den ordinære eksamen
Vejledende timetal
På naturvidenskab er undervisningen tilrettelagt efter trefasemodellen dvs. intro, trænings- og studiefasen.
Introfase: 20 timer
Træningsfase: 30 timer, heraf:
- Laboratorieøvelser: 30 timer
Aktiviteter i studiefasen
Sprog
Dette kursus undervises på engelsk.
Bemærkninger
Eksaminatorier og laboratorieøvelser kører sammen i nyt computerlokale.
Kursustilmelding
Se tilmeldingsfrister.
Pris for åben uddannelse
Se priser for enkeltkurser.
Denne kursusbeskrivelse var gyldig fra 1. februar 2016 til 31. januar 2017.
